El Caraísmo ha existido desde que Dios dio sus leyes al pueblo Judío. Al principio a aquéllos que seguían las leyes de YHWH se les llamaba simplemente "Justos" y no fue hasta el siglo 9º D.C. que se les llamó Caraítas. La pregunta de por qué a los seguidores de Dios se les llama hoy Caraítas realmente es una cuestión relacionada con el origen de las demás sectas. Al principio no había ninguna razón para etiquetar de secta separada a los "Justos" porque tan sólo había una secta que consistía en todo el pueblo Judío. A lo largo de la historia, los "Justos" asumieron diversos nombres tales como Saduceos, Betusianos, Ananitas, y Caraítas, para así distinguirse de las distintas sectas que iban apareciendo.
Periodo bíblico – Los Justos
En el Periodo Bíblico el pueblo es descrito como perteneciendo a dos categorías: los pecadores y los justos. A menudo profetas falsos que afirmaban ser portadores de un mensaje de Dios condujeron al pueblo al pecado. En algunos periodos, la mayoría de Israel siguió a estos profetas falsos y aquéllos que permanecían fieles a YHWH no fueron sino unos pocos (por ejemplo Elías en el Monte Carmelo). Dios envió a sus profetas "desde la mañana hasta la tarde" llamando al pueblo al arrepentimiento pero demasiado a menudo sólo castigando a la nación con una gran calamidad YHWH conseguía que escucharan. Gran parte de la historia Bíblica es una repetición del familiar ciclo de pecado, castigo, arrepentimiento y rescate.
Segundo periodo de Templo - El Saduceos y Betusianos
La primera referencia en la historia de Israel a más de una secta tiene lugar unos 200 años después del fin del periodo Bíblico, en el primer siglo a. de Xto. Varias fuentes nos hablan de dos sectas contrarias, los Saduceos (Zadokitas) y los Fariseos. Los Saduceos seguían la Torah tal como fue escrita mientras que los Fariseos creían en una segunda "Torah Oral" que ellos agregaron a la escrita. El Segundo periodo del Templo vio el levantamiento de varias sectas más, entre ellas otro grupo que sólo seguía la Torah escrita, los llamados Betusianos y una secta que agregaba varios libros a la Biblia llamada los Esenios (también conocida por la "Secta" del Mar Muerto).
Como los Caraítas, quienes los siguieron, los Saduceos y los Betusianos continuaron la tradición, originada por Moisés, de guardar los mandamientos de la Torah sin añadidos (Deuteronomio 4:2). A menudo oímos en la literatura antigua que los Saduceos negaban las doctrinas de la inmortalidad del alma y las del premio y castigo en el "más allá". Si esto es cierto o no es de poca transcendencia ya que ellos llegaron a estas creencias basadas en una interpretación honrada de la Biblia (aun cuando la mayoría de los Caraítas discrepa con ellos en estas doctrinas). Por otro lado, los Fariseos creían que la interpretación de un maestro en particular era divina y elevaron estas enseñanzas al nivel de la misma Torah. Con el paso del tiempo esta doctrina se fue extendiendo y los Fariseos afirmaron que estas enseñanzas tenían su origen en el mismísimo Dios bajo la forma de una segunda, "Torah Oral". Incluso fueron tan lejos como hasta asegurar que cuando dos maestros enseñaban interpretaciones de la Biblia diametralmente opuestas, ambas interpretaciones eran de Dios.*1 La tercera secta mayor, los Esenios, tenía una Biblia que abarcaba más de nuestros 24 Libros y como resultado tenían prácticas ajenas a nuestra Biblia, prácticas tales como un calendario solar.
Cuánto tiempo continuaron coexistiendo estas tres sectas es desconocido. A menudo se piensa que los Esenios y los Saduceos dejaron de existir con la destrucción del Templo en el año 70 d. de Xto. Sin embargo esto parece improbable ya que las escrituras de los Esenios aparecen tan tarde como el siglo 10, lo que parece indicar que sobrevivieron mucho después de la destrucción del Templo. Las referencias a los Saduceos y los Betusianos continúan apareciendo en la literatura posterior al año70 d. de Xto., ellos también parecen haber sobrevivido durante algún tiempo.
Edad Media - Los Ananitas y los Caraítas
En la temprana edad media, los Fariseos continuaron creciendo. Empezaron a llamarse Rabinos y sólo usaban el nombre Fariseos al recordar eventos históricos del periodo del Segundo Templo. En el 7º siglo, el Imperio islámico barrió el Medio-este. Los musulmanes no tenían interés en imponer la práctica religiosa islámica a los Judíos y les dieron un cierto grado de autonomía bajo un sistema conocido como el Exilarcado. El Exilarcado se había fundado centenares de años antes bajo el gobierno Sasánida pero hasta ahora sólo tenía influencia en Babilonia y Persia. De un día para otro los Rabanitas pasaron de ser un fenómeno Babilónico localizado a un poder político que se extendió a lo largo de gran parte del Medio-este. De los siglos 3º al 5º los Rabanitas Babilónicos desarrollaron un cuerpo de ley religiosa conocido como el Talmud Babilónico que impusieron a cada Judío en el Imperio.
La resistencia a los Rabanitas fue feroz, sobre todo en las provincias orientales del Imperio, incluso en aquellas que nunca habían oído hablar del Talmud. Los relatos de los historiadores nos hablan de líderes Judíos cuya la resistencia contra el Talmud les puso en conflicto directo con el gobierno islámico que había autorizado a los Rabinos y les había dado autoridad sobre otros Judíos. Un líder de la resistencia que se negó a aceptar el Talmud fue llamado Abu Isa al-Isphahani, de quien se dice que llevó un ejército de Judíos contra el gobierno musulmán. Otros intentos de lanzar fuera el Talmud también se emprendieron, pero todos fallaron y los Rabanitas y su Talmud parecían imparables.
Entonces en el 8º siglo una última vislumbre de esperanza apareció en forma de un sutil líder llamado Anan ben David. Anan organizó varios elementos anti-Talmudicos y presionó al Califato musulmán para que estableciera un segundo Exilarcado para aquéllos que rechazaban el Talmud. Los musulmanes concedieron a Anan y a sus seguidores la libertad religiosa para practicar el Judaísmo a su propia manera. Anan reunió a un gran grupo de seguidores que llegaron a ser conocidos como los Ananitas. Algún tiempo después de la muerte de Anan sus seguidores se unieron a otros grupos sólo-Tanach y asumieron el nombre de los "Seguidores de la Biblia" o en Hebreo "Bnei Mikra". Posteriormente "Bnei Mikra" se abrevió a "Karaim" o en Español "Caraítas".
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*1 “Rabbi Aba dijo en el nombre de Samuel: Tres años estuvieron divididos la Casa de Shammai y la Casa de Hillel. Éstos dijeron que la ley está según nosotros y aquéllos dijeron que la ley está según nosotros. Una voz angélica salió y dijo 'Ambas, éstas y ésas son las palabras del Dios viviente.'" (Talmud Babli, Erubin 13b) En la teología Rabínica este incidente al que hemos hecho referencia se cita como prueba de la regla general que afirma que cuando dos Rabinos discrepan, ambas opiniones contrarias son "palabras del Dios viviente".